Sau khi ký Hòa ước Giáp Thân (1884) thì quân đội Pháp tiến vào Kinh thành Huế tiếp thu các cơ quan hành chánh kể cả kho bạc. Họ ghi nhận thu được hơn 6.000 nén vàng, 2.000 đồng vàng và vô số bạc nén. Phân nửa sau đó được hoàn lại triều đình Huế còn phân nửa được đưa lên tàu chở về chính quốc Pháp trang trải binh phí cuộc viễn chinh. Tổng cộng trọng lượng Pháp thâu nhận bằng biên bản là 14.630 kg bạc và 1.335 kg vàng, phần lớn mang nấu chảy để đúc lại sung vào công quỹ của Pháp.[47]

Kinh tế Đông Pháp từ đó được vận hành chủ yếu là một nền kinh tế thuộc địa để hỗ trợ cho kinh tế Pháp chứ không có kế hoạch tự túc hoặc phát triển theo khả năng bản xứ. Toàn quyền Pasquier đã khẳng định: "Il faut que les profits de l'Indochine reviennent aux Français" ("Lợi nhuận từ Đông Dương phải trao lại cho nước Pháp"). Đông Pháp là nguồn nguyên liệu và vật liệu bán chế trong khi chính quốc Pháp cung ứng những sản phẩm chế biến để bán lại sang Đông Pháp.

Về mặt nông lâm, cơ chế đồn điền nhất là đồn điền cao su để cung cấp cho thị trường Âu Mỹ là một điển hình cho mối tương quan giữa Pháp và Đông Pháp. Cây cao su Hevea brasiliensis đầu tiên đem từ Mã Lai sang trồng ở Đông Dương là vào năm 1897 ở Sài Gòn. Đến năm 1905 thì cạo mủ thấy sản xuất được nên bắt đầu phát động đem trồng nhiều nơi.[48] Nhiều công ty lớn của Pháp như hãng Michelin đều đầu tư vào ngành này, sở hữu những đồn điền với diện tích rộng lớn, tổng cộng chiếm hơn 138.000 hecta trên toàn Đông Dương.[49] Tính đến năm 1926 thì diện tích trồng cao su là hơn 166.000 ha với 13 triệu cây cao su.[50] Số lượng nhân công cần để khai thác nguồn lợi này cũng đã làm dao động xã hội bản xứ. Lượng cao su xuất cảng đạt hơn 10 nghìn tấn vào năm 1929 và tiếp tục gia tăng đến khi Chiến tranh thế giới thứ hai bùng nổ. Sản lượng cao su sau đó tụt xuống chỉ còn 15% sản lượng tiền chiến và không phục hồi được cho dù có đến cuối thập niên 1940 đã đạt khoảng 60% sản lượng cao nhất.

Lượng nông phẩm lớn nhất của Đông Dương là lúa gạo, đạt 2.140.000 tấn xuất cảng năm 1937 với diện tích canh tác ở Nam Kỳ tăng mạnh từ 522.000 hecta năm 1880 đến 2 triệu 2 hecta năm 1937.[52] Chính phủ Bảo hộ có tay trong việc phân phát đất đai. Tính đến năm 1940, 1.299.500 hecta được phát cho người bản xứ và 962.200 hecta cho người Âu châu. Trên tổng số đó, 63% là cho người Âu châu so với 89% đất phát cho người bản xứ là ở Nam Kỳ. Dân bản xứ tập trung lĩnh canh đất trồng lúa trong khi người Pháp lấy đất mở đồn điền trồng cao su, cà phê, chè.[53] Vào thập niên 1950 trong số các địa chủ sở hữu hơn 100 ha, phần lớn tập trung ở Nam Kỳ thì 2033 người là người Việt và 430 là công dân Pháp.[54]

Những khu vực kinh tế khác được chính phủ Bảo hộ lưu ý là khoáng sản (than đá, chì, kẽm), chè, cà phê, hạt tiêu. Kỹ nghệ nhẹ như ngành dệt, thuốc lá, xi măng cũng được phát triển.

Kỹ nghệ lớn nhất với khoảng 50.000 công nhân là ngành khai thác than đá, chủ yếu ở Hà Tu và Hòn Gai (Pháp gọi là Hongay) và Cẩm Phả của công ty "Société de Charbonnages du Tonkin". Hãng "Société de Charbonnages du Đông Triều" thì khai thác ở Kê Bào. Năm 1930 sản lượng than đá khai thác là 1.890.000 tấn, trong đó 3/4 được xuất cảng.

Những mặt hàng được nhập khẩu chính vào Đông Dương thời kỳ này là sữa đặc, thức ăn đóng hộp, bột mì, rau, đường, cà phê, trà, thuốc lá, chỉ bông, vải bông, rượu, than, dầu lửa, đồ kim loại, dược phẩm, xà phòng, đồ gốm, đồ thủy tinh và pha lê, giấy, máy móc, xe hơi, v.v. Các mặt hàng xuất khẩu quan trọng gồm có: gạo, cá (cá khô và cá muối), tiêu, quế, dầu thực vật, gỗ tếch, sợi bông (thô), than và kẽm, lụa (thô), xi măng, thảm chiếu, da, v.v. Cán cân xuất nhập khẩu vào năm 1914 là thặng dư gần 66 triệu đồng.

Cơ quan điều hành kinh tế cho cả sáu xứ Đông Pháp là Ngân hàng Đông Dương (Banque de l'Indochine), thành lập từ năm 1875. Ngân hàng này có đặc quyền phát hành đồng bạc Đông Dương (piastre indochinoise).

Chính quyền Bảo hộ còn giành độc quyền bán thuốc phiện, rượu, và muối, còn được gọi là thuế "môn bài". Ba khoản thu này cộng thêm quan thuế xuất nhập khẩu cung ứng 95% ngân sách để trả lương công chức.[56] Lấy trường hợp thu ngân của chính phủ Bảo hộ ở Bắc Kỳ năm 1886 trên tổng số 134 triệu đồng thì bốn nguồn thuế chính là:[57]

1. thuế thuốc phiện: 45 triệu
2. thuế rượu: 20 triệu đồng
3. thuế muối: 45 triệu đồng
4. thuế thân: 21 triệu đồng.

Độc quyền nấu rượu thì giao cho công ty Société des Distilleries d'Indochine phân phối cho toàn Liên bang dưới hiệu "RA" (Régie de Alcool), tục gọi là "rượu ty". Những nguồn rượu khác thì bị liệt vào hạng rượu lậu và ai nấu hay mua thì bị truy tố và tài sản tịch thu.[58]Đối với thuốc phiện thì quyền nhập cảng, chế biến và bán sỉ là do cơ quan Régie de l'Opium đảm nhận. Tính đến năm 1900 thì lợi nhuận chính phủ thu được từ thuốc phiện đạt hơn phân nửa số tiền thu nhập của toàn Liên bang Đông Dương.[59] Riêng việc phân phối bán lẻ là để cho tư nhân, đa số là người Hoa.[60]